为了加强公路、内河货物运输行业的税收管理，适应使用税控器具开具发票的需要，国家税务总局决定从2006年8月1日起，统一使用新版《公路、内河货物运输业统一发票》（以下简称《货运发票》）。旧版《货运发票》和《全国联运行业货运统一发票》自2006年8月1日起停止使用。《国家税务总局关于使用公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》（国税函〔2004〕557号）、《国家税务总局关于印发新版〈全国联运行业货运统一发票〉式样的通知》（国税函〔2004〕1033号）同时废止。
　　一、代开发票的单位表叙述的更加明确
　　国税函〔2004〕557号中规定：代开发票由代开单位领购和开具；代开发票
由税务机关代开时，税务机关为代开单位；代开票纳税人应当到税务机关指定的代开单位办理代开发票事宜。?在新的办法中则表述为：代开发票由代开单位领购和开具。代开发票由税务机关代开或者由税务机关指定的单位代开。纳税人需要代开发票时，应当到税务机关及其指定的单位办理代开发票事宜。
　　二、从事“联运业务”可以领购、使用《货运发票》
联运业务的概念：所谓联运企业是指两个以上的运输企业完成旅客或货物从
发送地点至到达地点所进行的运输业务。　国家税务总局对联运企业的发票管理也比较规范，不仅设计了专门用于联运业务的《全国联运行业货运统一发票》，还多次对全国联运发票抵扣增值税问题作明确规定，旧版《全国联运行业货运统一发票》由于运费和杂费合并填开，难以准确计算增值税一般纳税人的进项抵扣税额，因此，国家税务总局规定旧版《全国联运行业货运统一发票》不能作为抵扣凭证。这在一定程度上制约了联运业务的发展，而在新的文件中规定：鉴于联运货物运输业务与公路、内河货物运输业务内容基本相同，为了便于统一管理，方便纳税人对发票的使用，凡从事货物运输业联运业务的纳税人可领购、使用《货运发票》。新文件明确了“《国家税务总局关于印发新版〈全国联运行业货运统一发票〉式样的通知》（国税函〔2004〕1033号）同时废止”。
　　三、对发票纸张和样式做了不同规定
　　国税函〔2004〕557号中规定：、《货运发票》由各省、自治区、直辖市和计划单列市地方税务局统一印制。《货运发票》采用压感纸，并按总局新颁布的全国统一发票分类代码和发票号码规则印制；发票分类代码中4位地区代码统一使用省、自治区、直辖市和计划单列市代码。而在新的文件中规定：、《货运发票》由各省、自治区、直辖市和计划单列市地方税务局指定1个定点印制企业统一印制。《货运发票》采用干式复写纸（抵扣联52克，发票联、记帐联45克），背涂为蓝色。这里可以看出全国的货运发票将不会采取同意的样式。
　　原来的《货运发票》为一式四联的计算机发票，第一联为抵扣联（绿色），第二联为发票联（棕色），第三联为记帐联（红色），第四联为存根联（黑色）。发票规格为241mm×152mm，其中密码区规格为： 92mm ×22mm，具体方位详见票样。?而新的文件规定：、《货运发票》为一式四联的计算机发票（见附件），第一联为发票联，印色为棕色；第二联为抵扣联，印色为绿色；第三联为记账联，印色为红色；第四联为存根联，印色为黑色。发票规格为241mm×177mm。发票分类代码和发票号码按全国统一的编码规则印制；发票分类代码和发票号码（发票联）印色为黑色。
　　四、代开票人“税控器参数”有变化
　　新的文件中：“完税凭证号码”将不在做为税控器的参数，代开发票的参数由10个变成了9个。
　　五、对发票的作废、查验及红字发票问题做出了明确规定
　　在填开和打印时发现有误的，可即时作废，并在废票全部联次监制章部位做剪口处理，在领购新票时交主管税务机关查验。?
　　在已填开《货运发票》且开票数据已报送主管税务机关后需要开具红字发票的，应按红字发票开具规定进行处理，在价税合计的大写金额第一字前加“负数”字，在小写金额前加 “-”号。在开具红字发票前，收回已开出《货运发票》的发票联和抵扣联，全部联次监制章部位做剪口处理。?
　　新的文件对《货运发票》的领购、使用、纸张样式以及作废都作出了比较完善的规定，有利于规范货运发票体系，改善货运发票使用混乱的状况，同时规定废止了以前使用的《联运发票》，统一使用新版《货运发票》，对于从事联运业务的企业来说是一个利好消息。