《国家税务总局关于使用新版机动车销售统一发票有关问题的通知》（国税函〔2006〕479号，以下简称通知）下发后，总局对新版《机动车销售统一发票》票样进行了修改，并下发了国税函〔2006〕1139号回复了一些地区要求总局明确不含增值税税款的车辆价格的计算方法。
　　一、　　明确了不含增值税税款的车辆价格计算方法
我国的税法明确规定：纳税人购买自用的应税车辆的计税依据，为购买应税车辆而支付给销售者的全部价款和价外费用，不包括增值税税款。所以在计算应税依据时，应该将含税价格换算成为不含增税的价格，新的文件中明确了新的公式：
　　不含税价=（全部价款+价外费用）÷（1+增值税税率或征收率）
这里面的价外费用应该包括：销售方价外向纳税人收取的基金、集资费、返还利润、补贴、违约金（延期付款利息）和手续费、包装费、储存费、优质费、运输装卸费、保管费、代收款项、代垫款项以及其他各种性质的价外收费。
　　二、　　对《车辆购置税纳税申报表》进行了部分修改
　　《车辆购置税征收管理办法》（国家税务总局令第15号）附件1《车辆购置税纳税申报表》填表说明第12条第（1）款修订为“境内购置车辆，按机动车销售统一发票（不含税价栏）填写”；第（3）款修订为“自产、受赠、获奖或者以其他方式取得并自用的车辆，按机动车销售统一发票（不含税价栏）填写”。
　　新的规定将于2006年12月1日起开始执行。