为了防止房地产开发企业通过采用设立项目公司等方式经营，以房地产进行投资或联营来达到避税目的。在财政部和国家税务总局下发了《关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）中的第五条对以房地产进行投资或联营的征免税问题进行了规定，取消了原来的部分优惠。
　　新的文件中规定：对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的,凡所投资、联营的企业从事房地产开发的,或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的,均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]048号)第一条暂免征收土地增值税的规定。
　　《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]048号)中规定：对于以房地产进行投资，联营的，投资，联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资，联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资，联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。
　　新的规定体现了房地产税收政策的公平性。《契税暂行条例细则》中规定，土地、房屋权属以作价投资、入股方式转移的，视同土地使用权转让、房屋买卖或者房屋赠与征税。《国家税务总局关于房地产开发有关企业所得税问题的通知》（国税发[2003]83号）和《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发[2006]31号）中都规定，将开发产品用作对外投资视同销售确认收入。国税发[2006]31号文还规定，企业、单位以换取开发产品为目的，将土地使用权投资房地产开发项目的，企业、单位应在首次取得开发产品时，将其分解为转让土地使用权和购入开发产品两项经济业务进行所得税处理。企业、单位以股权的形式，将土地使用权投资房地产开发项目的，企业、单位在投资交易发生时，应将其分解为销售有关非货币性资产和投资两项经济业务进行所得税处理。由此可见，在契税、企业所得税中，均是将以房地产进行投资、联营按照视同销售进行纳税处理，如果继续对土地增值税保留特殊处理，则显然不符合公平的原则。
　　仍给企业留下了一些筹划的空间。在新的对文件中只对以房地产进行投资或联营的征免税问题进行重新明确，但是，对于财税字[1995]048号有关合作建房企业兼并转让房地产的征免税问题没有包括其中，所以房地产开发企业依旧可以通过合作建房或兼并转让等方式进行土地增值税的筹划，合理规避新政策所带来的税收筹划风险。