企业来源于境外的所得已在境外缴纳的所得税税额，可以在限额内抵免境内应纳所得税款。而境外税收抵免又分为直接抵免和间接抵免。直接抵免是指居住国的纳税人用其直接缴纳的外国税款冲抵在本国应缴纳的税款。间接抵免是指跨国纳税人，在非居住国非直接缴纳的税款，允许部分冲抵其居住国纳税义务。那么，企业来源于境外的所得，直接抵免和间接抵免到底有何不同呢？
直接抵免，包括居民企业和非居民企业
企业所得税法第二十三条规定，企业取得的下列所得已在境外缴纳的所得税税额，可以从其当期应纳税额中抵免，抵免限额为该项所得依照规定计算的应纳税额；超过抵免限额的部分，可以在以后五个年度内，用每年度抵免限额抵免当年应抵税额后的余额进行抵补：一是居民企业来源于中国境外的应税所得。二是非居民企业在中国境内设立机构、场所，取得发生在中国境外但与该机构、场所有实际联系的应税所得。同时，企业所得税法实施条例第七十八条还规定，境外所得抵免限额，是指企业来源于中国境外的所得，依照企业所得税法和实施条例的规定计算的应纳税额。除国务院财政、税务主管部门另有规定外，该抵免限额应当分国（地区）不分项计算，计算公式如下：抵免限额＝中国境内、境外所得依照企业所得税法和实施条例的规定计算的应纳税总额×来源于某国（地区）的应纳税所得额÷中国境内、境外应纳税所得总额。
例如：甲公司是国内一家居民企业，在境外A国设有分支机构。在申请高新技术企业资格时，是以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品（服务）收入等指标申请并经认定的。2011年，境内应纳税所得额为3000万元。2011年度，甲公司从A国分支机构取得应纳税所得额1132万元。其中生产经营所得680万元，A国规定的税率为15%；租赁所得360万元，A国规定的税率为10%；特许权使用费所得92万元，A国规定的税率为8%.那么，甲公司取得的境外所得该如何纳税？
由于甲公司在境外设立分支机构，甲公司属于A国的直接纳税人，系境外所得直接抵免的情形。同时，《财政部、国家税务总局关于高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题的通知》（财税[2011]47号）规定，以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品（服务）收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策，即对其来源于境外所得可以按照15%的优惠税率缴纳企业所得税，在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。这样，2011年度甲公司境外所得补税计算过程如下：
1.税前所得为680÷（1-15%）＋360÷（1-10%）＋92÷（1-8%）＝800＋400＋100＝1300（万元）。
2.抵免限额为（3000＋1300） ×15%×1300÷4300＝195（万元）。
3.已纳税额为800×15%＋400×10%＋100×8%＝168（万元）。
4.应补税额为1300×15%-168＝27（万元）。
间接抵免，仅限于居民企业权益性投资收益
企业所得税法第二十四条规定，居民企业从其直接或者间接控制的外国企业分得的来源于中国境外的股息、红利等权益性投资收益，外国企业在境外实际缴纳的所得税税额中属于该项所得负担的部分，可以作为该居民企业的可抵免境外所得税税额，在企业所得税法第二十三条规定的抵免限额内抵免。同时，《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号）规定，某国（地区）所得税抵免限额＝中国境内、境外所得依照企业所得税法及实施条例的规定计算的应纳税总额×来源于某国（地区）的应纳税所得额÷中国境内、境外应纳税所得总额。依据上述公式中“依照企业所得税法和实施条例的规定计算的应纳税总额”的税率，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，应适用25%的税率计算。居民企业在按照企业所得税法第二十四条规定用境外所得间接负担的税额进行税收抵免时，其取得的境外投资收益实际间接负担的税额，是指根据直接或者间接持股方式合计持股20%以上规定层级的外国企业股份，由此应分得的股息、红利等权益性投资收益中，从最低一层外国企业起逐层计算的属于由上一层企业负担的税额。其计算公式如下：本层企业所纳税额属于由一家上一层企业负担的税额＝（本层企业就利润和投资收益所实际缴纳的税额+符合本通知规定的由本层企业间接负担的税额）×本层企业向一家上一层企业分配的股息、红利÷本层企业所得税后利润额。
例如：乙公司是国内一家居民企业，在境外B国设有子公司，持股比例为50%.该子公司在B国没有上一层企业。2011年境内应纳税所得额为3000万元，所得税税率为15%。2011年，境外子公司生产经营所得2560万元，所得税税率为20%，缴纳公司所得税512万元。当年B公司按税后利润60%进行分配，乙公司已分得股息614.4万元。同时，乙公司还从境外B公司取得租赁资产所得360万元，B国预提所得税税率为10%。取得特许权使用费所得170万元，B国预提所得税税率为15%，取得财产转让所得246万元，B国预提所得税税率为18%。那么，乙公司取得的境外所得该如何纳税？
由于乙公司在境外设立子公司，并且占境外子公司50%的股份，符合持有外国企业20%以上股份的标准。并且在境外设立的子公司没有相关机构，该子公司属于最低层级。所以，对于乙公司取得的股息所得614.4万元，已在境外缴纳的所得税，允许在限额内实行间接抵免；超过部分不得抵免，也不得往以后年度抵补。但对于取得境外的租赁所得、特许权使用费所得和财产转让所得，已在境外缴纳的所得税不得实行间接抵免，应按直接抵免的有关规定进行处理。因此，乙公司2011年度境外所得补税计算过程如下：
1.股息税前所得＝614.4÷（1-20%）＝768（万元）。
2.股息抵免限额＝[3000＋768]×25%×768÷3768 ＝192（万元）。
3.股息已纳税额＝768×20%＝153.6（万元）。
4.股息所得应补税＝768×25%-153.6＝38.4（万元）；租赁、特许权使用费和财产转让所得应补税＝[360÷（1-10%）＋170÷（1-15%）＋246÷（1-18%）]×25%-[360÷（1-10%）×10%＋170÷（1-15%）×15%＋246÷（1-18%）×18%]＝101（万元）。所以，所得应补税额＝38.4＋101＝139.4（万元）。