《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号）决定：从2000年1月1日起，个人独资企业和合伙企业投资者的生产经营所得比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。财政部、国家税务总局印发的《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）还明确：个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，年度应纳税所得额均为每一纳税年度的收入总额减除成本、费用及其损失后的余额。那么，个人兴办两个或两个以上企业（包括参与兴办，下同）在汇算清缴时如何计算应纳税额呢，笔者结合《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规〉执行口径的通知》《国税函[2001]84号》等有关规定叙述如下，供参考：

　　一、全部是独资企业应纳税额的计算方法。

　　所办企业全部是独资的，应分别向各企业的实际经营管理所在地主管税务机关办理年度所得税汇算清缴，其汇算清缴税款的计算方法是：首先汇总所有企业的生产经营所得作为应纳税所得额，然后以此确定适用税率计算出全年所有企业生产经营所得应纳个人所得税税额，再根据每个企业的生产经营所得占所有企业生产经营所得的比例计算出每个企业的应纳个人所得税税额和汇算清缴应补缴的税额。

　　例如：居民甲依照《中华人民共和国个人独资企业法》投资兴办了A、B、C三家个人独资企业，2010年实现的应纳税所得额分别为5万元、10万元和15万元，1—11月份预缴的个人所得税分别为2万元、3.2万元和3.3万元。其年度汇算清缴时三个企业各自应补缴的个人所得税为：

　　三个企业的年度应纳税所得额＝5＋10＋15＝30万元。

　　应纳税额＝30×35%—0.675＝9.825万元。

　　三个企业年度各自应纳个人所得税税额分别为：

　　A企业应纳税额＝9.825×5÷30＝1.6375万元。

　　B企业应纳税额＝9.825×10÷30＝3.275万元。

　　C企业应纳税额＝9.825×15÷30＝4.9125万元。

　　三个企业各自应补缴的税额为：

　　A企业应补缴的税额＝1.6375－2＝－0.3625万元，即应向主管税务机关申请退还个人所得税0.3625万元。

　　B企业应补缴的税额＝3.275－3.2＝0.075万元。

　　C企业应补缴的税额＝4.9125－3.3＝1.6125万元。

　　二、独资、合伙兼有应纳税额的计算方法。

　　在所有投资兴办的企业中，如果既有独资、又有合伙企业（依据《中华人民共和国合伙企业法》登记成立合伙企业，下同），根据财税[2000]91号文件附件中年度纳税申报表的设计格式其年度汇算清缴应分两步进行：第一步各自应先向各自的实际经营管理所在地主管税务机关办理自身的年度所得税汇算清缴；第二步由其中的合伙企业向经常居住地主管税务机关办理汇总年度所得税汇算清缴，如果经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致时，应选定其参与兴办的某一合伙企业的经营管理所在地为办理，并在5年内不得变更。

　　例如：假定上述居民甲又与居民乙依照《中华人民共和国合伙企业法》注册兴办了一家合伙企业，甲投资3万元，乙投资7万元，各自的应纳税所得额按投资比例确定。2011年1月份在预缴2010年12月份个人所得税时该企业预计全年应纳税所得额为12万元，甲已预缴税款0.665万元，乙已预缴税款2.265万元；在汇算清缴时经过对各项因素调整后调增所得额3万元，其汇算清缴应纳税款的计算方法如下：

　　1、四个企业各自汇算应补缴的个人所得税。

　　A企业应补缴税额＝5×30%－0.425－2＝－0.925万元。

　　B企业应补缴税额＝10×35%－0.675－3.2＝－0.375万元

　　C企业应补缴税额＝15×35%－0.675－3.3＝1.275万元。

　　合伙企业中居民甲应补缴税额＝（12＋3）÷10×3×30%―0.425―0.665＝0.26万元。

　　2、四个企业汇总申报居民甲应补缴纳的个人所得税。

　　汇总应纳税所得额＝5＋10＋15＋（12＋3）÷10×3＝34.5万元。

　　应补缴税额＝34.5×35%－0.675―2―3.2―3.3―0.665―1.275―0.26＋0.925＋0.375＝2万元

　　此外，在对年度应纳税所得额进行计算调整时应注意两点：一是依法准予扣除的投资者个人费用，只能选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除；二是年度经营亏损不能跨企业弥补。