为贯彻落实《中华人民共和国中小企业促进法》、《国务院办公厅转发国家经贸委关于鼓励和促进中小企业发展若干政策意见的通知》(国办发[2000]59号)和国家发展改革委和国家税务总局《关于继续做好中小企业信用担保机构免征营业税有关问题的通知》(发改企业[2004]303号)以及国务院领导关于促进中小企业信用担保机构发展的有关批示精神, 2006年4月3日，国家发展改革委、国家税务总局联合下发了《国家发展改革委、国家税务总局关于中小企业信用担保机构免征营业税有关问题的通知》（发改企业[2006]563号），对如何继续做好中小企业信用担保机构免征营业税工作有关问题进行了明确。这不仅对享受三年营业税减免政策期限已满的担保机构来说是一个极好消息，同时，这也为吸引其它资金和符合条件法人机构的参与提供了很好的契机。
　　通知规定：信用担保机构免税基本条件
　　(一)经政府授权部门(中小企业政府管理部门)同意，依法登记注册为企业法人，且主要从事为中小企业提供担保服务的机构。
　　(二)不以营利为主要目的，担保业务收费标准报经所在地人民政府中小企业主管部门和同级人民政府物价部门批准。
　　(三)具备健全的内部管理制度和为中小企业提供担保的能力，经营业绩突出，对受保项目具有完善的事前评估、事中监控、事后追偿与处置机制；注册资金超过2000万元。
　　(四)对中小企业累计贷款担保金额占其累计担保业务总额的80％，对单个受保企业提供的担保余额不超过担保机构自身实收资本总额的10％，并且其单笔担保责任金额最高不超过4000万元人民币。
　　(五)担保资金与担保贷款放大比例不低于3倍，并且其代偿额占担保资金比例不超过5％。
　　(六)接受所在地政府中小企业管理部门的监管，按照要求向所在地政府中小企业管理部门报送担保业务情况和财务会计报表。
　　享受三年营业税减免政策期限已满的担保机构，仍符合上述条件的，可以继续申请减免税。  
　　（一）制定和明确了免税基本条件对免征营业税的中小企业信用担保机构的资格认定做出了详细规定：（一）经政府授权部门（中小企业政府管理部门）同意，依法登记注册为企业法人，且主要从事为中小企业提供担保服务的机构。（二）不以营利为主要目的，担保业务收费标准报经所在地人民政府中小企业主管部门和同级人民政府物价部门批准。（三）具备健全的内部管理制度和为中小企业提供担保的能力，经营业绩突出，对受保项目具有完善的事前评估、事中监控、事后追偿与处置机制；注册资金超过2000万元。（四）对中小企业累计贷款担保金额占其累计担保业务总额的80％，对单个受保企业提供的担保余额不超过担保机构自身实收资本总额的10％，并且其单笔担保责任金额最高不超过4000万元人民币。（五）担保资金与担保贷款放大比例不低于3倍，并且其代偿额占担保资金比例不超过5％。（六）接受所在地政府中小企业管理部门的监管，按照要求向所在地政府中小企业管理部门报送担保业务情况和财务会计报表。根据行文内容，可以想见，上述6项条件必须同时满足，否则，将不能享受免税的资格或被取消继续享受免税的资格等。
　　（二）对免税程序进行了相应改进
　　《国家税务总局关于中小企业信用担保、再担保机构免征营业税的通知》（国税发[2001]37号）规定，“省、自治区、直辖市、计划单列市经贸委向同级财政、地方税务局提供本地区经国家经贸委审核批准纳入全国试点范围非营利性中小企业信用担保、再担保机构名单，由财政、地方税务局审核后上报本省、自治区、直辖市、计划单列市人民政府批准免征营业税”。这在当时来说，有着积极意义，但随着时间的推移，其弊端日益暴露。虽然《国家发展改革委、国家税务总局关于继续做好中小企业信用担保机构免征营业税有关问题的通知》（发改企业[2004]303号）对免税程序重新进行了规定“有关中小企业信用担保机构免征营业税工作，由担保机构自愿申请，经省级中小企业管理部门审核和推荐，经国家发展改革委审核备案并商国家税务总局后下达免税名单。”但仍不利于税收管理和监控。对此，新文件对免税程序进行了相应改进，规定“由担保机构自愿申请，经省级中小企业管理部门和省级地方税务部门审核、推荐后，由国家发展改革委和国家税务总局审核批准并下发免税名单，名单内的担保机构应持有关文件到主管税务机关申请办理免税手续，各地税务机关按照国家发展改革委和国家税务总局下发的名单审核批准并办理免税手续后，担保机构可以享受营业税免税政策”。并明确要求“各省、自治区、直辖市、计划单列市中小企业管理部门、地方税务局要根据本通知要求，按照公开、公正原则，认真做好本地区中小企业信用担保机构审核推荐工作。”这些规定，更利于相关政策的正确执行和真正落实。
　　（三）免税时间起始之日有新规定
　　虽然，文件规定营业税免税期限仍为三年，但对免税时间起始之日作了新规定：“免税时间自担保机构主管税务机关办理免税手续之日起计算”。而《国家税务总局关于中小企业信用担保、再担保机构免征营业税的通知》（国税发[2001]37号）规定“营业税免税期限为3年，免税时间从纳税人享受免税之日起计算。”新旧对比，新规定更加切合税收工作实际，便于征纳双方理解和实际操作，增强了税务机关实际操作的可行性和政策的严谨度，有效防止和减少人为因素干扰。