根据《中华人民共和国处商投资企业和外国企业所得税法》(以下简称《外税法》)的规定，按照注册地与管理控制机构所在地确定的居民企业负有全面纳税义务。因此，对于总机构设在我国的外商投资企业，需就其境内外所得在我国申报缴纳企业所得税。实践执行中，外商投资企业办理境外所得完税事宜时，通常对税款的计算及申报缴纳等问题存在困惑，增加了其纳税遵从成本和可能承担的纳税风险。为此，对外商投资企业境外所得的所得税相关政策进行梳理，以期提高企业的纳税遵从度。
　　应纳税额的计算
　　境外所得主要包括境外生产经营所得(即企业在境外设立分支机构或到境外临时提供劳务取得的所得)、投资所得(即来源于境外的股息、利息和特许权使用费)和境外财产所得(即来源于境外的动产和不动产等财产的使用、出租和转让所得)。
　　为避免双重征税，我国采用限额扣除法计算境内外所得应纳所得税额，通常思路是首先计算境内所得应纳税额与境外所得应纳税额，其次比较扣除限额与境外实际缴纳税额确定两者中的较小者为允许扣除税额，这里需要说明两点：一是当境外实际缴纳税额大于扣除限额时，差额部分可用以后年度税额扣除不超过限额的余额补扣，补扣期限最长不得超过5年；二是境外实际缴纳的所得税额，不包括纳税后又得到补偿或由他人代为承担的税款。最后用境内所得应纳税额与境外所得应纳税额之和减除允许扣除税额。
　　年度应纳所得税额=境内应纳税所得额×适用税率＋境外应纳税所得额×适用税率-允许扣除的境外已纳所得税额；当境内外所得适用税率相同时，上述公式可简化为：年度应纳所得税额二境内外应纳税所得额×适用税率-允许扣除的境外已纳所得税额。应纳税所得额的确定
　　居民企业的应纳税所得额是其境内、外应纳税所得额之和，境内、外应纳税所得额都应按照国内《外税法》的规定计算，即为境内外所得扣除国内税法允许扣除的成本、费用和损失后的金额。在确定应纳税所得额时，需要特别注意境内外盈亏抵补、境外财产损失扣除及境外外币所得折算问题。
　　1．境内外盈亏抵补
　　在不考虑境内外所得适用税率差异的情况下，除境外单独核算的分支机构外，外商投资企业无须单独核算其境外应纳税所得额，而应不分所得来源地统一核算企业年度盈亏情况。因此，在《外税法》未专门明确外商投资企业境外业务盈亏抵补问题的情况下，其处理应与境内业务盈亏处理相同。《外税法》实施细则第五条规定，境外分支机构所得应由总机构汇总缴纳所得税。这表明，除可扣除境外已纳税款外，境外分支机构的所得税处理与境内分支机构相同，境外分支机构的亏损可由总机构和境内分支机构的盈利弥补，其盈利也可弥补总机构和境内分支机构的亏损。弥补亏损所使用盈利同样遵循税率相同、相近的顺序，亏损机构日后的盈利仍应“归还”给弥补其亏损的机构，按照该机构适用税率缴纳所得税。
　　此外，境外临时提供劳务的所得、成本和费用按性质分别归入企业同期主营业务利润、其他业务利润或营业外收支净额，无须分别核算境内外盈利与亏损，从而不产生境内外盈亏抵补问题。境外其他所得在取得时分别归入投资收益、主营业务收入、其他业务收入、营业外收入或其他收益，相应费用和损失在发生时分别归入相应支出在所得税前扣除，因此其盈利与亏损已与同期境内所得合并计算，也不存在境内外盈亏抵补问题。
　　2．境外财产损失扣除
　　《外税法》对外资企业境内外财产损失(不包括投资损失)的处理规定相同，即在损失发生年度无须经过税务机关审批即可在企业所得税前扣除，但需在年度所得税申报时向主管税务机关报送书面说明及相关证明资料。书面说明应包括财产损失类型，程度，数量，价格，损失理由，扣除期限，处置、责任追究或索赔情况等内容。证明资料主要包括两类：一是财产损失鉴定证明资料，主要指企业内部有关部门的财产损失鉴定证明资料，如企业境外财产损失由外部原因(战争、动乱、自然灾害等)造成，应提供我国驻外使领馆等有关部门、机构的书面鉴定或证明：二是企业处理财产损失的证明资料，如内部报损审批单据或决议，处置(变卖、转让)合同或单据，责任追究及责任人赔偿单据，保险公司赔偿单据等。
　　3．境外外币所得折算
　　企业境外所得如为美元、日元和港币，应按中国人民银行公布的人民币对该币种的基准牌价折算；上述币种以外的其他外币所得，应根据美元对人民币的基准汇率和国家外汇管理局提供的纽约外汇市场美元对主要外币的汇价进行套算，按套算后的汇价折算。季度预缴所得税时，按照季度最后一日的汇率折算；年度汇算清缴时，对已预缴的所得不再重新折算，只就全年未纳税的外币所得，按照年度最后一日的外汇牌价折算。外币所得按照外汇牌价折合成人民币缴纳税款的，如多缴税款需办理退税的，先将应退税款按原纳税时的外汇牌价折合成外国货币，再将该外国货币数额按照填开退税凭证当日的外汇牌价折合人民币退税；如少缴税款需要补税的，按照补税当日的外汇牌价折合人民币补缴税款。扣除限额的计算
　　我国国内税法及对外签订的税收协定均采取分国不分项的方法计算扣除限额，其计算公式是：扣除限额=境内外所得按税法计算的应纳税总额×来源于某国的所得额／境内外所得总额。我国对境外已纳税款实行限额抵扣，当在国外缴纳的税额低于按照国内税法计算的税额时，需在国内补缴该项差额的税款，从而使国内投资与国外投资的税负相同，减少税收对资本流动的扭曲；当高于时，高出部分不得在当年度扣除，以防止将本国征收的税收转移到国外去。但限额扣除计算方法复杂，特别是税法未对“来源于某国的所得额”与“境内外所得总额”进行明确解释，因而存在两种不同理解：一种认为应是按税法计算的应纳税所得额，另一种认为应是企业取得的所得金额。从《外税法》实施细则第84条推断，应是指企业实际取得的所得金额。因此，公式中的“来源于某外国的所得额／境内外所得总额”应为数值在0至1区间的正数，加之境内外所得按税法计算的应纳税总额大于等于0，故扣除限额应大于等于0。
　　例：国内A公司适用企业所得税税率为30％，其总机构所在地区免征3％的地方所得税，2004年该
　　企业经营情况如下：(1)国内生产经营所得为1000万，经过纳税调整后的应纳税所得额为1200万；(2)在B国拥有的分支机构亏损800万，按国内税法调整后的亏损金额为820万，B国企业所得税税率为27％；(3)从B国取得特许权使用费300万(按国内税法计算其应纳税所得额为280万)；(4)从所投资的C国居民公司(拥有股权比例为15%取得股息65万，C国的企业所得税税率为35％；(5)B、C两国预提所得税税率均为20％(我国与两国税收协定中的限定税率是10％)。
　　计算如下：
　　(1)境内外所得总额=1000＋300＋65=1365(万元)
　　(2)境内外应纳税所得额=1200-820＋280＋65=725(万元)
　　(3)境内外所得按国内税法计算的应纳税额=725×30％=217.5(万元)
　　(4)来源于B国所得的扣除限额=217.5×(300÷1365)=47.80(万元)
　　在B国实际缴纳的所得税额=300×10%=30(万元)
　　允许扣除的B国已纳所得税额=30(万元)
　　(5)来源于C国所得的扣除限额=217.5×(65÷1365)=10.36(万元)
　　在C国实际缴纳的所得税额=65×10％=6.5(万元)
　　允许扣除的C国已纳所得税额=6.5(万元)
　　(6)境内外所得应纳所得税额=217.5-(30＋6.5)=181(万元)适用税率的确定
　　由于地方所得税由企业总机构汇总缴纳，免征和减征优惠按总机构所在地政府的规定执行，因此当总机构免征地方所得税时，境外所得应同样免征，即按照30％的税率计算抵扣限额和应纳企业所得税。同时，《外税法》实施细则第73条规定的按15％税率纳税的企业并无所得来源地限制，该类企业全部境内外所得均应适用减低税率。适用税收优惠的确定
　　外商投资企业定期减免税(两免三减半等)并未限定所得的性质或来源地，因此，企业只要符合规定条件，其境外所得也可享受所得税减免优惠。但在生产性企业计算年度生产性收入比例时，境外所得也应计入相应收入项目。税收协定消除双重征税的规定
　　1．间接抵免
　　鉴于限额扣除无法彻底消除对股息的双重征税，我国对外签订的税收协定大多引入间接抵免条款，解决对直接投资的双重征税问题，但也有少数税收协定(如与新西兰、马其顿等的税收协定)在我国未列入间接抵免条款。
　　该间接抵免方法仅限于直接投资，并且对持有外国子公司的股权比例做出了具体限制(一般不少于10%。税收协定中的相关条款通常表述为“从××国取得的所得是××国居民公司支付给中国居民公司的股息，同时该中国居民公司拥有支付股息公司股份不少于10%的，该项抵免应考虑支付该股息公司就该项所得缴纳的××国税收”。即使在间接抵免条件下，仍需结合国内税法规定的抵扣限额确定该年度允许扣除的境外已纳税额。
　　上例中，如我国与C国税收协定中有间接抵免条款，该公司2004年来源于C国股息所得应予抵扣的税额则为：该股息对应的公司税前利润额=65÷(1-35%=100(万元)；该股息对应的公司税额=100×35％=35(万元)；该股息在A国缴纳的预提所得税=65×10％=6.5(万元)；股息所得应予抵免的税额=35＋6.5=41.5(万元)。由于该公司来源于C国所得的扣除限额是10.36万，因此本年度允许扣除的C国已纳所得税额为10.36万(剩余的31.14万应结转以后年度补扣)。
　　2．税收饶让
　　我国与部分国家签订的税收协定中包含有税收饶让条款，对对方国家给予我国企业的所得税减免税款视同已经缴纳，在计税时给予扣除。如我国与泰国对于双方为促进发展所制定的特别鼓励法给予的减免税，视同已征税相互给予饶让抵免；我国与意大利对于按照缔约国法律规定，以及缔约国为鼓励投资制定专项规定等，对营业利润的减免税相互给予饶让抵免。税款的申报与缴纳
　　对境外所得的申报缴纳时间，《外税法》并无单独规定，仅明确境外所得已在境外缴纳的所得税税款可在汇总纳税时按税法规定数额扣除。由此可知，境外所得与境内所得的确认时间相同，即除境外投资所得在实际分得时纳税外，其他所得均应按照《外税法》实施细则第11条规定的原则计算应纳税所得额，并与同期境内所得-并按季预缴，年终汇算清缴。
　　但是我国与所得来源国的纳税年度差异可能使境外已纳税款无法实现扣除。《外税法》要求企业扣除境外已纳税额时，应提供境外税务机关填发的同一年度纳税凭证原件，不得用不同年度的纳税凭证作为扣除税额的凭据。但当企业按照国内税法确认所得时，该项所得对应的外国税款可能尚未缴纳、或已预缴但须在该国所得税汇算清缴时进行纳税调整，从而无法准确提供其对应的完税凭证，导致在年度所得税汇缴时无法准确确定可扣除税额。在《外税法》无抵缴税款规定的情况下，企业只能在下一年度重新计算上年应纳税额，办理退税手续。