笔者在对土地增值税清算的调研中发现，基层主管税务机关在土地增值税清算中，采用的土地增值税计算方法并不相同，导致计算的结果也有所区别。实践中主要有两种计算方法，以下简称甲计算法和乙计算法。

　　甲计算法，指在同一个房地产开发项目中，按普通住宅、非普通住宅、门面房、车库、其他房地产开发产品等类别，采用房地产开发产品销售收入比例或房地产开发产品定额成本比例或其他合理方法，分别单独计算各房地产开发产品的增值额与扣除项目金额，据以计算各房地产开发产品应纳的土地增值税。其依据是《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）。该通知规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行计算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算；开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。

　　乙计算法，指在同一个房地产开发项目中，以国家有关部门审批的房地产开发项目（包括普通住宅、非普通住宅、门面房、车库、其他房地产开发产品等）为单位，先统一核算该房地产开发项目的增值额与扣除项目金额，然后再按房地产开发产品销售收入比例或房地产开发产品定额成本比例或其他合理方法，在普通住宅、非普通住宅、门面房、车库等其他房地产开发产品中分配增值额与扣除项目金额，据以计算各房地产开发产品应纳的土地增值税。其依据是《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》。该实施细则第八条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。

　　比如，某房地产开发有限公司2006年1月～2012年6月30日，土地增值税清算项目总建筑面积为124326.5平方米，不可售面积6078.34平方米，可售面积118248.16平方米，已销售面积99670.04平方米，其中普通住宅已售31363.73平方米，非普通住宅已售27432.49平方米，其他开发产品（包括门面房、车库等）已售40873.82平方米，未出售面积18578.12平方米。

　　经核实，该公司2006年1月1日～2012年6月30日期间实现转让收入26485.56万元。其中，普通标准住宅4018.75万元，非普通标准住宅3829.78万元，其他开发产品18637.03万元。在该项目土地增值税清算中，按发生合理总成本在已售、未售产品之间分配，已售产品应分摊的扣除项目金额为24721.54万元。其中，取得土地使用权所支付的金额3409.48万元，房地产开发成本14455.96万元，房地产开发费用1786.54万元，与转让房地产有关的税金1496.47万元，财政部规定的加计20%扣除数3573.09万元，土地增值总额为1764.02万元。

　　如果按甲计算法计算，该公司普通标准住宅和非普通标准住宅部分应缴土地增值税为0元，其他开发产品应缴土地增值税为2366.24万元，合计应缴土地增值税为2366.24万元。该公司已缴528.3万元，应补1837.94万元，负担率为8.93%。

　　如果按乙计算法，该公司普通标准住宅部分应缴土地增值税为0元，非普通标准住宅部分应缴土地增值税为76.52万元，其他开发产品部分应缴土地增值税为372.38万元，合计应缴土地增值税为448.90万元。该公司已缴528.3万元，应退79.4万元，负担率为1.69%。

　　很明显，用上述两种计算方法计算同一房地产开发项目应纳的土地增值税，其结果大相径庭。甲计算法和乙计算法虽然都有各自的理由，但土地增值税清算绝不能在甲计算法和乙计算法中任意选用，更不能因税务机关的计算方法和计算口径不同造成纳税人的税负不公。

　　笔者认为，从土地增值税暂行条例实施细则的规定来看，甲计算法欠妥。因为该实施细则第八条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。也就是说，土地增值税清算的基本单位是一个完整的房地产开发项目，而非一个房地产开发项目中的单个或几个开发产品。甲计算法的实质是把一个整体的清算项目或核算对象分解成了多个清算项目或核算对象，这不符合税法要求。相比较而言，乙计算法更符合土地增值税暂行条例实施细则的立法意图和会计法的相关要求。因此，笔者建议，财政部、国家税务总局应尽快出台土地增值税清算规章，进一步明确房地产开发项目及各房地产开发产品土地增值税的计算顺序、计算方法和计算口径，从而避免土地增值税清算中的不公平现象。