案例21：M公司资产计税基础为6000万元，公允价值1亿元，A公司持有M公司100%的股权。2010年12月，B公司定向增发相当于1亿元的股票换取A公司持有M公司的全部股权。该项重组业务实质符合59号文件规定的特殊性税务处理条件，但重组主导方A公司在2010年度汇算清缴结束之前，未在税务机关备案。2012年6月，税务机关在对A公司进行税务稽查时，发现了该问题。关于A公司是否可以使用特殊性税务处理问题，税务机关内部分为两种意见：

　　第一种意见，虽然A公司未在重组年度按照规定进行备案，但该项重组实质完全符合特殊性税务处理条件，《资产损失管理办法》（国家税务总局25号公告）中都允许纳税人对实际资产损失追溯享受，因此也应当允许A公司按照4号公告的要求补充备案，补充备案后，可以享受特殊性税务处理，不再补缴企业所得税款。

　　第二种意见，59号文件第11条规定，企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。

　　由于具体的重组要求直到2010年才出台，因此4号公告又规定：“2008、2009年度企业重组业务尚未进行税务处理的，可按本办法处理”。即：对2008、2009年度的重组业务，可以在2010年汇算清缴之前补充备案。但本案例是2010年的重组业务，此时4号公告已经颁布，不能再允许企业补充备案，因此应该要求A公司调整应纳税所得额4000万元。

　　分析：59号文件中的特殊性税务处理，并不是强制享受的，在重组年度企业可以选择适用一般性税务处理或者是特殊性税务处理，A公司未在2010年度备案，就认为是已经选择了一般性税务处理，不应再允许追溯备案，因此笔者赞成不允许企业补充备案，而是立即补缴税款。

　　事实上，特殊性税务处理只是递延纳税，在重组当事人有亏损因素情况下，适用特殊性税务处理未必一定符合企业最终税收利益，因此如果允许纳税人任意补充备案，就是允许纳税人任意调节税款享受方式，25号公告中的实际资产损失，是确定性没有选择余地的税收事项，同特殊性税务处理截然不同，不能混为一谈。

　　在国家税务总局对资本交易税务稽查越来越重视的情况下，建议国家税务总局应当完善政策，明确适用。