2007年1月16日，国家税务总局为了进一步加强房地产开发企业土地增值税清算管理工作，下发了国税发[2006]187号文，即《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（以下简称国税发[2006]187号文）。文件规定自2007年2月1日起执行。
　　国税发[2006]187号文对房地产开发企业土地增值税清算工作中有关税收征管问题进行了一系列的细化规定，进一步加强了土地增值税清算管理的可操作性。
　　国税发[2006]187号文中具体细化的内容有八个方面：
　　一、明确了土地增值税的清算单位
　　按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（以下简称《细则》）第八条规定：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。
　　国税发[2006]187号文在土地增值税的清算单位方面细化规定为：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
　　二、拓展规定了土地增值税的清算条件
　　国税发[2006]187号文规定：符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权的。同时规定，符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；省税务机关规定的其他情况。?
　　而《细则》第十六条规定：纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。又《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（以下简称财税[2006]21号文）规定：对已竣工验收的房地产项目，凡转让的房地产的建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上的，税务机关可以要求纳税人按照转让房地产的收入与扣除项目金额配比的原则，对已转让的房地产进行土地增值税的清算。具体清算办法由各省、自治区、直辖市和计划单列市地方税务局规定。
　　把国税发[2006]187号文与《细则》和财税[2006]21号文两个文件相比对分析后，我们可以看出，国税发[2006]187号文拓展了清算的条件，不仅增加了纳税人需要进行土地增值税清算的情形，还增加了纳税人可进行土地增值税清算的情形。
　　三、规定了非直接销售和自用房地产的收入确定方法
　　国税发[2006]187号文规定了房地产开发企业视同销售的几种行为，并明确了视同销售的收入确定方法和确定顺序。同时还规定房地产开发公司发生将房地产转为企业自用或用于出租等商业用途的情形，不征收土地增值税。
　　四、对土地增值税的扣除项目做了补充性的规定
　　能否及时准确地计算土地增值税的法定扣除项目金额，是房地产开发企业能否成功进行土地增值税清算的关键。国税发[2006]187号文在扣除项目的规定上进行了五个方面的补充规定。
　　首先，国税发[2006]187号文对计算与清算项目有关的扣除项目所要遵循的法律依据和提供凭证的合法性做了要求。
　　其次，国税发[2006]187号文规定对房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。具体核定方法由省税务机关确定。
　　第三，国税发[2006]187号文又对房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的一些公共设施的处理原则做了规定：建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
　　四是国税发[2006]187号文规定房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
　　五是国税发[2006]187号文规定属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。
　　五、详细列举了土地增值税清算时应报送的资料?
　　国税发[2006]187号文规定，应进行土地增值税清算的纳税人，须在满足清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续；可进行土地增值税清算的纳税人，须在主管税务机关限定的期限内办理清算手续。?
　　国税发[2006]187号文规定，纳税人办理土地增值税清算应报送以下资料：（一）房地产开发企业清算土地增值税书面申请、土地增值税纳税申报表；（二）项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料；（三）主管税务机关要求报送的其他与土地增值税清算有关的证明资料等。
　　同时国税发[2006]187号文还规定，纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
　　六、对土地增值税清算项目的审核鉴证进行了规定?
　　一是税务中介机构受托对清算项目审核鉴证时，应按税务机关规定的格式对审核鉴证情况出具鉴证报告。对符合要求的鉴证报告，税务机关可以采信。?
　　二是税务机关要对从事土地增值税清算鉴证工作的税务中介机构在准入条件、工作程序、鉴证内容、法律责任等方面提出明确要求，并做好必要的指导和管理工作。?
　　七、使房地产开发企业土地增值税的核定征收方式合法化?
　　国税发[2006]187号文规定：房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
　　国税发[2006]187号文规定对于因主客观原因不清算的房地产开发企业，税务机关可对其按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税，是整个文件的亮点。国税发[2006]187号文在房地产开发企业的土地增值税征管上突破了《细则》规定的土地增值税的两种征收方式，即预征和清算；同时也呼应了财税[2006]21号文的规定，即“对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）第35条的规定，实行核定征收。”
　　八、对清算后再转让房地产的处理问题做了规定?
　　国税发[2006]187号文规定：在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
　　单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
　　国税发[2006]187号文带来的后续影响
　　笔者认为，国税发[2006]187号文的施行，其带来的积极影响是多方面的，一是国税发[2006]187号文的下发，标志着1993年出台的土地增值税将从2007年2月1日起真正彻底地得到贯彻执行；二是国税发[2006]187号文的下发，将进一步缩小房地产企业盈利的空间，从而起到增加房地产市场比较活跃的一些城市的财政收入；三是国税发[2006]187号文的下发，将有效地打击不良开发商的荒废土地资源、囤积土地等追求暴利的投机行为等。
　　但是，也应该看到国税发[2006]187号文的施行，也将带来的许多负面影响，一是国税发[2006]187号文的下发，对今后的房地产价格起浮，将起到一定的影响；二是由于在国税发[2006]187号文下发之前，税务机关对房地产企业的土地增值税征管多采用预征为主的方式，从2007年2月1日起按国税发[2006]187号文进行清算，难免会使一些房地产市场并不活跃的城市面临财政退库的局面。