国家税务总局在1994年就对营业税细则中的联运业务进行了定义，《国家税务总局关于营业税若干征税问题的通知》(国税发［1994］159号)第二条规定：“细则第十七条第一款所称联运业务，是指两个以上运输企业完成旅客或货物从发送地点至到达地点所进行的运输业务。联运的特点是一次购买、一次收费、一票到底。联运业务以其实际取得的收入为营业额，即指运输企业开展联运业务时，以收到的收入扣除支付给以后的承运者的运费、装卸费、换装费等费用后的余额。”
　　对于联运业务的差额缴纳营业税问题，财税[2003]16号文件规定：“经地方税务机关批准使用运输企业发票，按‘交通运输业’税目征收营业税的单位将承担的运输业务分给其他运输企业并由其统一收取价款的，以其取得的全部收入减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额。”
　　对于自开票的纳税人，国家税务总局在规定允许其减除联运方的运费的同时，也限定了三个条件，《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》(国税发[2003]121号)规定：“对自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。以上所称联运必须同时符合以下条件：1、自开票纳税人必须参与该项货物运输业务；2、联运合作方向自开票纳税人开具货物运输业发票；3、自开票纳税人必须将其接受的货物运输业发票作为原始计账凭证，妥善保管，以备税务机关检查。”
　　对于代开票的纳税人从事联运业务的，国家税务总局规定其不得减除联运方的运费，其计税收入为发票上注明的数额。《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》国税发[2004]88号中规定：代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。